Es ist vielmehr davon auszugehen, dass der Ort als Fronhof von den Merowingern gegründet wurde. Grund dafür dürfte die Lage an der Hünerstraße gewesen sein. Wie die Anreinerortschaften Neesbach und Niederlahngau gehörte auch Nauheim später zur Grafschaft Diez. 1355 wurde Nauheim im Zuge eines Rechtstreits hälftig dem Hause Nassau-Weilburg übertragen und fortan häufiger verpfändet. Der bis dahin dort präsente Gerichtssitz ging nach Kirberg über. 1388 ging auch die andere Hälfte in Nassauer Besitz über, zwischen den unterschiedlichen Linien des Herrscherhauses jedoch häufiger "verschoben".
Spätesten in 1262 bekam Nauheim eine eigene Kirche, 1502 auch ein Pfarrhaus, das 1685 neu errichtet wurde. Die Reformation erreichte Nauheim vermutlich 1535. Nachdem die Kirche ab 1633 nicht mehr genutzt werden konnte, wurde sie 1706 komplett abgetragen. 1708 war die heute noch stehende Kirche errichtet.
Für das Jahr 1579 ist ein so genanntes „Spiellhaus“, ein Gemeindehaus, verbürgt, das später als Rathaus und Backhaus diente. 1609 entstand das erste Schulhaus.
Kaiser Wilhelm II. hielt im Jahr 1905 auf dem Nauheimer Kopf eine Manöverkritik ab, an die heute ein Gedenkstein, das Kaisermanöverdenkmal erinnert. 1932 wurde ebenfalls auf dem Nauheimer Kopf ein 19 Meter hoher „Leuchtturm“ errichtet, der Nachtflüge auf der Strecke Köln-Frankfurt ermöglichte. Er war bis 1939 im Betrieb und wurde vermutlich um 1953 endgültig abgebaut.
Im Zuge der Gebietsreform 1971 fusionierte Nauheim mit den sechs Anreinern und gehört seither zur neuen Gemeinde Hünfelden.